Pour les clefs publiques/privées générées par putty et stocké sous forme de fichier PPK, elle ne sont pas nativement utilisables sous linux. Il suffit cependant d'installer puttygen et de les convertir :

sudo apt install puttygen
puttygen cert.ppk -O private-openssh -o id_dsa
puttygen cert.ppk -O public-openssh -o id_dsa.pub
cat id_dsa.pub id_dsa > cert.pem

Si une passphrase a été positionnée, celle-ci sera demandé lors de la conversion de clef et réappliquée sur le dsa correspondant.