Premièrement, identifier la cible :

wmctrl -l 

0x02a00003  0 Krilin Amazon.fr  - Mozilla Firefox
0x02a00013  0 Krilin [Root Me : plateforme d'apprentissage dédiée au Hacking et à la Sécurité de l'Information] - Mozilla Firefox
0x03800007  0 Krilin gnome-shell-portal-helper
0x022001e4  0 Krilin Hard Disk Health Warning
0x022001e9  0 Krilin Hard Disk Health Warning
0x022001fa  0 Krilin Hard Disk Health Warning
0x02200205  0 Krilin Hard Disk Health Warning

On peut ensuite tuer les fenêtres qui sont inutiles :

wmctrl -ic 0x02200205